În 1954 Japonia a suferit un teribil atac din partea monstrului Godzila, capitala Tokyo devenind un câmp de bătălie, doar curajul oamenilor salvând ţara de la dezastru. De atunci Japonia a avut o lungă perioadă de pace şi prosperitate, până când un submarin nuclear american este dat dispărut în apele internaţionale din apropierea insulelor Guam. Când submarinul japonez Satsuma găseşte pe fundul apei submarinul nuclear american complet distrus, cu urme extrem de ciudate pe exteriorul navei, se bănuieşte imediat că responsabil de acest lucru ar fi Godzila. Se pare că de data asta monstrul a fost reînviat de sufletele tuturor celor care au pierit în războiul din Pacific în timpul celui de al doilea Război Mondial, supăraţi că sacrificile lor au fost date uitării. Deşi armata este foarte încrezătoare în forţele ei şi dispunând acum de un armament ultramodern fiind gata să facă faţă oricărui atac, prea puţini sunt cei care se gândesc la o veche legendă care spune că monştrii gardieni Baragon, Mothra şi Regele Ghidorah trebuie treziti şi chemati în ajutor, înainte ca Godzila să distrugă Japonia.