Ca urmare a protocolului adiţional secret al pactului Hitler-Stalin din 1939 şi prăbuşirii Aliaţilor apuseni în iunie 1939, un ultimatum este transmis României de către Uniunea Sovietică la data de 28 iunie 1940: România dispune de 48 de ore pentru a evacua Basarabia şi nordul Bucovinei, în caz contrar URSS va declara război. România cedează şi după 40 de ore, trupele sovietice şi ale NKVD-ului intră în teritoriile cerute şi în Ţinutul Herţei ,care nu era menţionat în ultimatum. În timpul retragerii pripite şi haotice a administraţiei şi armatei române din aceste teritorii, populaţia română/moldoveană a fost supusă la jafuri, torturi şi asasinate din partea comandourilor comuniste şi a trupelor NKVD-iste. Alte acţiuni împotriva reprezentanţilor oficiali ai Statului Român în retragere au fost comise de unităţi militare sovietice şi de comuniştii locali.
După ce Basarabia a fost ocupată în 1940 de sovietici, Stalin a dezmembrat-o în trei părţi. Partea centrală a fost denumită Republica Sovietică Socialistă Moldovenească şi era formată din 30.000 km² basarabeni, plus 4.100 km² de teritoriu de pe malul stâng al Nistrului. Sudul Basarabiei (de la Marea Neagră) şi partea de nord a acesteia, împreună cu nordul Bucovinei şi Ţinutul Herţa, teritorii ce însumau 14.400 km², precum şi restul de 4.000 km² din fosta republică autonomă înfiinţată peste Nistru în 1924, au fost atribuite Ucrainei.
Ocupaţia sovietică din 1940 a însemnat atât distrugerea sistemului economic cât şi al identităţii naţionale în Basarabia, fiind deportaţi în Siberia, conform dispoziţiilor date de Stalin, zeci de mii de băştinaşi (în principal români, dar şi ucraineni şi ruşi ne-comunişti). La 14 iulie în acelaşi an, la ordinul lui Beria familiile românilor moldoveni deportaţi au fost dezmembrate şi deportate, bărbaţii fiind trimişi în lagăre diferite de cele unde au fost trimise femeile şi copii lor. Astfel bărbaţii au fost deportaţi în lagăre cum ar fi Kozeliscenski(500 bărbaţi), Futilovski (300 bărbaţi), iar restul familiilor lor alcătuite din femei şi copii în lagărele din Karaganda şi Aktiubinsk (11.000 de persoane). Aceste deportări s-au repetat şi în 1941 (înainte de începerea eliberării ordonate de Antonescu), fiind deportaţi în regiunea Omsk, 6.000 de români moldoveni, în timp ce în regiunea Kirovsk au fost trimişi 10.000 de români moldoveni. Dezmembrarea familiilor a fost aplicată şi în aceste cazuri, bărbaţii find separaţi de familiile lor.După intrarea României în cel de-al doilea război mondial, sub comanda lui Ion Antonescu, care a dat celebrul ordin: Soldaţi, vă ordon, treceţi Prutul!, Basarabia s-a întors în componenţa statului român timp de încă trei ani.La 23 august 1944, după trecerea României de partea Aliaţilor,Uniunea Sovietica reocupă Basarabia în întregime .
Acţiunile antiromâneşti întreprinse de comunişti, ajutaţi de elemente minoritare şovine evreiesti, împotriva populaţiei civile române în 1940 s-au repetat atât în momentul retragerii armatei sovietice din iunie 1941, cât şi, mult mai intens, după revenirea acesteia în 1944.